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1953年，宋儒耀教授和王巧璋教授夫妇在原有的牙病室的基础上，共同创立了独立的口腔科。随着赖钦声、钱雪君、田恩顺、黄朝隽、俞家振、高孟林、文竹咸等一批杰出的医学专家的加盟，协和医院口腔科进入了蓬勃发展的第一个阶段。当时，协和医院口腔科在全国口腔医学领域享有崇高的学术声誉：宋儒耀教授担任中华口腔科杂志主编，同时还担任中华医学会口腔科分会主任委员；而王巧璋教授、俞家振教授曾担任中华医学会口腔科分会常委和中华口腔科杂志编委。
1978年10月，王巧璋教授和宋儒耀教授成功招收了首批3名研究生。随后于1979年建立了口腔科实验室，开始进行病理学、免疫学、生化学等多个方面的科研和临床工作。在口腔内科领域，王巧璋教授因其多年从事龋病病因学研究所取得的成果，特别是"糖原学说"的建立，而在十年动乱后的第一次全国科学大会上受到了表彰。1983年，口腔外科和内科开始广泛开展激光的临床和研究工作，终于1986年获得了电子工业部科技进步二等奖。在口腔外科方面，旋髂深动静脉为蒂的游离髂骨瓣移植修复下颌骨缺损的技术，不仅在80年代引领国内，即使在21世纪的今天仍然属于高度先进的技术。此外，1987年开始以颞浅动静脉为蒂的颞骨瓣修复下颌骨缺损的研究也是国内的。此外，他们还取得了在国内领先水平的成果，如口腔鳞癌细胞株的分离、培养，激光血管瘤和恶性肿瘤等方面的研究。在口腔粘膜疾病的研究中，他们也取得了一定的进展，包括白斑人群的普查和干燥综合征等的临床和实验室研究。1994年，口腔科与哥伦比亚大学合作建立了中国的第一个牙种植中心，并在国内进行了相关的临床和基础研究工作。随着2002年5月北京协和医院与邮电总医院的合并，口腔科有了更多的发展机会。
经过20世纪90年代的扩建以及多年来的设备更新和人才引进，再加上东、西两院的合并，口腔科不断发展壮大。随着学科的发展，口腔科进一步完善了专业组设置，目前设有口腔颌面外科学专业组、牙体牙髓病学专业组、牙周病学专业组、口腔黏膜病学专业组、儿童口腔病学专业组、口腔修复学专业组、口腔正畸学专业组以及口腔种植中心、牙科中心等七个专业组和两个中心。当前，口腔科已经发展成一个拥有近51台口腔综合台、12张病床、76名医护人员（包括医生48名、护士19名、技术人员9名）的大型科室。此外，口腔科还有1名在职博士生导师和5名硕士生导师，学科人才队伍趋于合理，其中包括6名教授和主任医师、11名副教授和副主任医师、24名主治医师、7名住院医师。